VB-TIPSでLinuxコマンドのことを書くのもアレなのですが、とりあえず、メモしときます。
ディレクトリ削除コマンドの『rmdir』は、ファイルが存在しているディレクトリ配下、すべてを削除することが出来ません。
そのような、ファイルが存在しているディレクトリ配下をすべて削除するには、以下のように『rm』を使います。
rm -rf ディレクトリ名
ちなみに、オプションのrはrecursiveで再帰的、fはforceで強制的です。
尚、上記は、Cygwinでも同じなので、Linux全般に通用するかと思います。