WebページからのCGI起動や単なる起動だけなら、スクリプトを指定、またはクリックするだけでPerlでの処理は実行できます。
しかし、コマンドプロンプトからスクリプトを指定して、標準入力させるのは、Perl本体を指定しないとNGなのです。
つまり、
C:\>hoge.pl < hoge.txt
はNGで、
C:\>perl hoge.pl < hoge.txt
としないと、標準入力が受け取れないのです。
わかっている人には、当然なのかもしれないのですが、私は過去3回も、はまりました。
そう、忘れた頃に、はまるのです。