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Perlからロジックでセルにデータを格納する時に、全く表示していなくても、以下の一行を入れると処理スピードが速くなります。

$excel->{ScreenUpdating} = 0;

EXCELオブジェクトのScreenUpdatingプロパティを偽(0)にします。
ちなみに、４５分掛かっていた処理が、この一行追加で、１５分短縮された３０分になりました。

尚、セル格納ロジックそのものは、以下にあります。